2021年9月1日、国内で新型コロナウイルスの感染が確認された人の数は、累計で150万人を超えました。大阪府は、新型コロナウイルスに過去最多の３００４人が感染されたと発表した。
2021年9月2日、2019年4月に東京・池袋でおきた池袋暴走事故で、自動車運転死傷処罰法違反（過失運転致死傷）の罪に問われた旧通産省工業技術院元院長・飯塚幸三被告（90）に対し、東京地裁は、禁錮5年（求刑禁錮7年）の実刑判決を言い渡した。
2021年9月3日、菅義偉首相は午前に開かれた党役員会で、党総裁選に立候補しないことを表明した。9月末の総裁任期いっぱいで首相を退任する意向。
2021年9月8日、日経平均株価の終値が前日より265円07銭高い3万0181円21銭。4月5日以来、約5カ月ぶりに終値で3万円台を回復した。
2021年9月9日、新型コロナウイルス対策の緊急事態宣言について、東京など19都道府県で12日に迎える期限を今月末まで延長することを正式決定した。北海道、茨城、栃木、群馬、埼玉、千葉、東京、神奈川、岐阜、静岡、愛知、三重、滋賀、京都、大阪、兵庫、広島、福岡、沖縄の19都道府県。
2021年9月13日、将棋の藤井聡太二冠（19）が豊島将之叡王に挑戦する第6期叡王戦五番勝負の第5局が、東京都渋谷区で指され、藤井二冠が111手で勝ち、対戦成績3勝2敗で叡王のタイトルを奪取した。王位・棋聖と③つのタイトルを同時に保持する三冠は史上10人目で、歴代最年少（19歳1カ月）。
政府は、新型コロナワクチンの2回目の接種率が50．9％に上ったと発表した。累計接種回数は約1億4400万回。2回接種を終えた人は約6400万人で、少なくとも1回打った人は全人口の63．0％に当たる約7900万人。
北朝鮮の朝鮮中央通信は、北朝鮮が11、12の両日に新型長距離巡航ミサイルの試射に成功したと報じた。
2021年9月14日、日経平均株価が前日の終値より222円73銭高い3万0670円10銭で取引を終えた。バブル経済崩壊後の終値最高値を更新した。
2021年9月17日、自民党総裁選が午前告示され、河野太郎行政改革担当相（58）、岸田文雄前政調会長（64）、高市早苗前総務相（60）、野田聖子幹事長代行（61）の4氏が立候補を届け出た。
2021年9月22日、金融庁は、みずほ銀行と持ち株会社みずほフィナンシャルグループに対し、一連のシステム障害に関する業務改善命令を出した
台風14号が、19時前に福岡県福津市付近に上陸した。台風が福岡県に直接上陸するのは、昭和26年（1951年）の台風統計開始以降初めて。
2021年9月２7日、厚生労働省の専門部会は、英製薬大手グラクソ・スミスクライン（GSK）が開発した中和抗体薬（点滴薬）ソトロビマブを新型コロナウイルス感染症の治療薬として特例承認することを了承した。
2021年9月２８日、政府は、新型コロナウイルス感染症対策本部を開き、東京など１９都道府県に発令中の緊急事態宣言と、８県に適用中のまん延防止等重点措置を３０日の期限で全て解除する方針を正式決定した
2021年9月29日、自民党総裁選は、岸田文雄前政調会長（64）が決選投票で河野太郎行政改革相（58）を破り、第27代総裁に選出された。
塩野義製薬は、開発中の新型コロナウイルス感染症の治療薬について、年内にも国に承認を申請し、年度内の実用化と供給開始をめざすと明らかにした。自宅でも服用できる錠剤タイプで、最終段階にあたる大規模な臨床試験を始めている。来年3月までに100万人分の生産を終える計画。
田辺三菱製薬は、カナダ子会社メディカゴが開発する新型コロナウイルスワクチンについて、１０月から国内で臨床試験（治験）を始め、来年３月にも国に承認申請する予定だと明らかにした。開発するのは植物由来のコロナワクチンで世界初。
